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花呗付款是否会发短信通知，取决于用户是否设置了短信通知功能。

如果用户设置了相应的短信通知选项，那么在花呗付款时，支付宝会发送短信通知，如果用户购买的商品进行了花呗付款，在支付成功后，合作商家也会收到付款通知。

仅供参考，如需准确信息，建议咨询支付宝客服或查看花呗相关设置。